O clima em Alter do Chão é bem característico das florestas tropicais, ou seja, quente e úmido. Embora não tenha muita variação de temperatura ao longo do ano, claro que sempre há uma melhor época para conhecer o destino.
Para conhecer as praias e inúmeras ilhas banhadas pelo Rio Tapajós, a melhor época é entre os meses de agosto até dezembro, quando as águas baixam e as praias surgem. Depois desse período as águas do rio voltam a subir cobrindo muitas das praias e ilhas. É o período das chuvas e ao longo dos meses a água vai subindo e o rio chega em seu nível mais alto perto do mês de maio. Claro que tudo pode mudar de ano para ano, mas em geral é assim que ocorre. Os dois períodos têm a sua beleza e particularidade, na época da cheia por exemplo, dá para aproveitar mais os passeios de barco e conhecer as comunidades ribeirinhas.
No mês de setembro acontece a Festa do Sairé e a pequena vila fica alcança sua capacidade máxima de turistas. A festa é um evento religioso, realizado anualmente e que congrega danças, músicas, gastronomia e a encenação da lenda do boto em uma programação de aproximado cinco dias. Para aproveitar a festa, tente reservar o hotel com antecedência para garantir lugar. Já, se prefere algo mais tranquilo, evite o período da festa. Normalmente Alter do Chão recebe mais turistas aos finais de semana e feriados prolongados.